Recherche, Covid-19, Virologie
05-04-2024
Voyage au centre du virus : à quoi ressemble le SARS-CoV-2 ?
Date de publication: 07-04-2021
Mise à jour le: 01-03-2023
Sujet: Covid-19
Temps de lecture estimé: 1 min
Auteur d'articles
Eufemia PutortiRédacteur médical
Guido PoliRédacteur médical
Elisa VicenziRédacteur et traducteur
Viktoryia Luhakova"Coronavirus" est une grande famille de virus connus pour provoquer des maladies allant du simple rhume à des maladies plus graves comme le syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS) et le syndrome respiratoire aigu sévère (SARS).
Les coronavirus ont été identifiés au milieu des années 1960 et sont connus pour infecter les humains et certains animaux (notamment les oiseaux et les mammifères).
En décembre 2019, un nouveau virus appartenant à cette famille, appelé SARS-CoV-2, a été isolé à Wuhan, en Chine. La séquence virale de ce nouveau Coronavirus présente une homologie d'environ 76% par rapport au virus qui a provoqué la pandémie de SARS en 2002/2003, les deux virus sont donc très similaires. Comment ce virus est-il composé? Quelle est sa structure?
Structure du "nouveau Coronavirus".
Pour analyser sa structure, nous utiliserons l'illustration suivante, qui montre un virion (la particule infectieuse virale unique) complet et en coupe.
Les coronavirus ont une morphologie arrondie et des dimensions de 100-150 nm de diamètre (environ 600 fois plus petit que le diamètre d'un cheveu humain !).
En partant de la couche la plus externe et en progressant progressivement vers l'intérieur du virus, il est possible de remarquer plusieurs composants :
- Glycoprotéine S ("spike") : le virus présente des projections à sa surface, d'une longueur d'environ 20 nm. Ces projections sont formées par la glycoprotéine S (pour "spike"). Trois glycoprotéines S réunies forment un trimère ; les trimères de cette protéine forment les structures qui, prises ensemble, ressemblent à une couronne entourant le virion. Les principales différences de ce nouveau coronavirus par rapport au virus du SARS semblent se situer précisément dans cette protéine spike. La glycoprotéine S est celle qui détermine la spécificité du virus pour les cellules épithéliales des voies respiratoires : le modèle 3D suggère en effet que le SARS-CoV-2 est capable de se lier au récepteur ACE2 (enzyme de conversion de l'angiotensine 2), exprimé par les cellules des capillaires pulmonaires.
- Protéine M : la protéine membranaire (M) traverse l'enveloppe et interagit à l'intérieur du virion avec le complexe ARN-protéine.
- Dimère de l'hémagglutinine estérase (HE) : cette protéine d'enveloppe, plus petite que la glycoprotéine S, joue un rôle important pendant la phase de libération du virus à l'intérieur de la cellule hôte
- E-Protein : l'expression de cette protéine aide la glycoprotéine S (et donc le virus) à se fixer à la membrane de la cellule cible.
- Enveloppe : il s'agit de l'enveloppe du virus, constituée d'une membrane que le virus "hérite" de la cellule hôte après l'infection.
- ARN et N-protéine : le génome du Coronavirus est constitué d'un seul brin d'ARN à large polarité positive (de 27 à 32 kb dans les différents virus) ; on ne connaît pas de virus à ARN de plus grande taille. L'ARN donne naissance à 7 protéines virales et est associé à la protéine N, ce qui augmente sa stabilité.